云姝继续以“神女”之名救世。面对北方大旱，她显圣降雨、赈济百姓，稳定民生；途中又经历绿洲姻缘等插曲。随后她来到苍山一带，揭露当地恶人横行、百姓受苦的乱象，以神罚惩恶扬善。随着神女威望愈盛，她的影响力进一步扩散，也逐渐引起南方朝堂与各方势力的关注。

神女云姝救下受灾百姓，又以神迹令荒田稻谷成熟。随后，她与镇北军继续南下，惩治助纣为虐之人，救济沿途百姓。两年后，南北终于统一，镇北军凯旋，新朝建立，定国号为夏。可就在天下逐渐安定之时，换装系统突然出现异常，主神也随之现身。最终，云姝完成攻略沈诀的任务，获得重活一世的奖励，重新回到自己的世界。

南方朝堂暗流涌动，小皇帝逃离皇城，却一步步踏入云姝布下的局。雍朝竟妄图求娶神女，一石激起千层浪，天下信徒震怒。云姝顺势落子，以亵神之罪师出有名，沈诀率军剑指南方。万民十里相送，玄渊楼舟横渡南海。谁料鱼群拦路，风暴将至。面对席卷苍生的天灾，云姝再披神装，以一己之力迎战风暴——神女所护，从来不只一城一国，而是天下众生。

渡海途中，云姝乘巨鲲显圣，救下饱受水贼与乱军欺压的武陵百姓。她赐粮安民，以工代赈，乱军夜袭亦被尽数化解。随后大军进入武陵城，白粥赈济，百废待兴。为让这座饱经苦难的城池重获生机，云姝再施神迹，画中世界应念而生——画中一年，凡间仅一日。神女要救的，从来不只是他们的性命，更是他们往后的日子。

云姝平定邺城瘟疫后，开始兴办书院、传授医术与生产知识，引导百姓依靠自身改变命运。随后，朝阳少主方朔为父求援，云姝乘飞舟降临朝阳，却遇上太守离世。调查中，她发现兰家与邪术老妇暗中勾结，以遗骨炼制邪器，一场隐藏多年的阴谋逐渐浮出水面。

神女云殊降临信都，以雷霆护城、以幻境审恶，宣告旧朝气数已尽。她挥剑斩断腐朽龙脉，却没有替凡人包办一切，而是选择入世传道。瘟疫席卷邺城，她赐下医书、唤醒人心，让百姓学会自救互助。直到无数平凡之人挺身而出，云姝才明白，所谓神迹，从来不只来自神明，也来自众生不肯低头的勇气。

沈月魄下山历练，救下重伤的酆烬。又遇黑风坳血棺解封骨笛现世，尘封的记忆碎片冲入沈月魄识海。她终于窥见前世真相：万年前她被师尊云景延囚作证道容器，幸得酆都帝君酆烬护住一缕残魂，送其入轮回。今生酆烬告白，两人情缘落定。随着她的记忆不断苏醒，各方势力陆续登场，她一路斩邪祟、渡枉魂，接连破解各地灵异奇案，捣毁深山恶徒窝点。沈月魄和酆烬并肩作战，清算当年旧怨，阻止反派的阴谋。

天子微服至云关镇，见通判秦砚贪财好利，欲治其罪。岂料蝗灾突降，邻镇大乱，秦砚却开六仓赈灾，满仓粮米堆积如山。原来他哭穷五年，只为备荒救民。天子方悟，秦砚虽非传统清官，却是真正能让百姓活下去的能臣。

原《万界独尊》第275集即为《万界独尊 第四季》第1集。

赵家水缸浮现影子，念月看见水中立着一名女子。村东暗藏秘辛，残破石片刻下警示文字，院角青石人不断渗出黑灰。铜铃接连响动，尘封多年的旧事慢慢浮出水面，村里流言四起，有人刻意掩盖真相。众人顺着旧布鞋断绳与残缺拓纸追查，封井石下藏着未曾面世的秘密，一段被歪曲的过往等待被揭开，井底被困之人苦苦期盼，能有人唤出她被抹去的名字。